- Trước năm 1975 trường có tên là Tư thục Lạc Thiện.
- Sau năm 1975 do QĐ số 631/QĐ-UB ngày 08/05/1978 của UBND
TP.HCM về việc quốc lập hóa trường tư thục Lạc Thiện và đổi tên là trường cấp
1, 2 Hữu Nghị.
- QĐ số 136/QĐ-UB ngày 31/07/1989 của UBND Q.Tân Bình về
việc thay đổi cấp học, trường được tách và đổi thành trường PT cấp 2 Phạm Ngọc Thạch.
- QĐ số 14/QĐ-UB ngày 03/06/1991 của UBND Q.Tân Bình, trường
PT cấp 2 Phạm Ngọc Thạch được chuyển thành trường
PT cấp 2 BC Phạm Ngọc Thạch.
- QĐ số 62/GD-ĐT/TC-QĐ ngày 04/07/1998 của Sở GD-ĐT TP.HCM, trường
PT cấp 2 BC Phạm Ngọc Thạch được đổi thành trường
THCS BC
Phạm Ngọc Thạch.
- Từ năm 2007 do QĐ số 82/QĐ-UBND ngày 23/04/2007 của UBND
Q.Tân Bình về việc chuyển đổi trường THCS
BC Phạm Ngọc
Thạch thành trường THCS Phạm Ngọc Thạch
Q.Tân Bình.
- Từ năm 2018, trường được xây lại mới hoàn toàn trên diện tích hơn 5.000 m2, với quy mô 35 phòng học và đầy đủ các phòng chức năng, trang thiết bị hiện đại; chính thức được đưa vào sử dụng từ năm học 2020-2021.
